La principal diferencia es para lo que fueron creadas. Las tablas fueron pensadas para tabular, aunque muchas son usadas para (ubicar los diferentes elementos de un web.
Hay mucha gente que posiciona los distintos elementos de una web mediante tablas, lo cual tiene varias desventajas, como por ejemplo que para obtener un mismo resultado se necesita mucho más código, cosa que por ejemplo dificulta entender el código de una web y eso puede traer "consecuencias colaterales" como dificultad para posicionarse en los buscadores y claro está archivos de mayor tamaño... por lo tanto te hacen consumir más transferencia de datos y en consecuencia te salen más caros. Si es una web pequeña quizás no se noten las diferencias, pero para una web mediana o grande un par de Kb multiplicados por el número de visitas te puede dar bastante transferencia usada "de más".
